O nome "Jabaquara" vem do tupi-guarani "îababa" (fuga) e "kûara" (toca), mas há quem diga que a denominação foi tirada do pequeno rio que corria junto aos morros do Fontana, São Bento e Nova Cintra, atingindo a várzea vizinha e indo desaguar no mar, entre Gonzaga e José Menino.

    Segundo essa versão, Jabaquara é corruptela de Yab-A-Qua-Ra, que quer dizer o buraquento, ou Ya-Baquara - o corredor, o ligeiro. Em qualquer um dos casos, ficam explícitas características do antigo rio santista, canalizado e extinto com o saneamento.

    O bairro era originalmente um quilombo chamado "Canaã dos Cativos" criado pelo abolicionista Quintino Lacerda, ex-escravo que o fundou em 1882.

     Negros que fugiam de seus senhores, desesperados, se escondiam em matas e consequentemente encontravam esse quilombo, que com o passar do tempo se tornou o maior da região. Esses homens que buscavam um futuro livre de escravidão fizeram com que o quilombo ficasse popular e que mais tarde aquele pequeno sítio ás várzeas do morro no século XIX um dos mais bem sucedidos e maiores quilombos de Santos.

     Os negros do Interior desciam a serra a pé e sabiam que, às margens do Rio Casqueiro, havia canoas para transportá-los até as proximidades do sítio. O resto do trajeto era cumprido também a pé, à noite ou de madrugada, para não levantar suspeitas.

    Quintino morava na encosta do Monte Serrat, numa casa ampla, toda de tijolos e coberta de palha, onde ninguém chegava sem a permissão dos negros que a guardavam. Sua primeira providência era garantir abrigo e alimento aos recém-chegados. Depois, estes se integravam ao trabalho na terra, de onde se tirava o sustento para toda a comunidade do quilombo. Para eles, ser livre não significava encostar o corpo e descansar, e sim trabalhar, vigiar e poder continuar senhores de si.

   Quando Quintino já não sabia o que fazer, conheceu um homem, sabe-se apenas que se chamava Joaquim, que pretendia arrendar terras para o cultivo de legumes e verduras. Firmou-se um acordo, bom para os dois lados: Quintino cedeu as áreas que Joaquim precisava, e este deu trabalho aos negros. As verduras e legumes eram comercializados no mercado central da época.

     Devido à grande popularidade que alcançou, Quintino elegeu-se vereador em 1895. E, em reconhecimento à sua luta pela liberdade, um grupo de pessoas entregou-lhe, em nome da comunidade santista, um relógio de ouro com a seguinte dedicatória: "Lei de 13 de maio de 1888. Homenagem ao popular Quintino de Lacerda. Santos - 1888".

     O Jabaquara já foi um lugar fértil e procurado para se viver: hortas de legumes frescos e de qualidade, gado saudável e de carne saborosa, saneamento básico excelente e infraestrutura recomendada para um lugar com moradias excessivas. Porém, hoje em dia o bairro sofre uma decaída e não conta com infraestrutura adequada, saneamento básico sem reformas e deslizamentos dos morros vizinhos em constante frequência. 

    O bairro é localizado nas divisas com: Morro Jabaquara, Monte Serrat, Marapé, Vila Mathias, Morro Fontana e uma pequena divisa com a Vila Belmiro.