Seu fundador foi ninguém menos que Braz Cubas. Como Santos não passava de uma região inóspita, onde os homens viviam sendo atacados por doenças, Braz Cubas decidiu fundar um hospital, numa data imprecisa entre 1543 e 1547.

     No início, a Santa Casa não passava de uma pequena enfermaria, uma construção no sopé do morro Santa Catarina. Com a morte de Braz Cubas, ocorrida em 1592, houve um declínio acentuado das atividades, a partir de 1597, resultando em uma semi-paralisação no período entre 1654 e 1730. Mas, tudo melhorou quando passou a funcionar na área pertencente à Igreja de Misericórdia, que ficava onde está hoje a esquina da Praça Mauá com Rua Riachuelo.

     O hospital foi ainda transferido para outros locais e apenas em 1860 ganhou um prédio próprio, na base do chamado Morro de São Jerônimo (atual Monte Serrat). Com o aumento crescente da população, teve de passar por duas reformas que o capacitaram a atender a demanda por muitos anos. Mas, em 1928 houve um desabamento parcial do morro: duas enfermarias, o necrotério e a cozinha vieram abaixo. Isso foi o que bastou para que a Irmandade começasse a construir, naquele mesmo ano, o prédio da Avenida Cláudio Luiz da Costa. Só que, devido à Revolução de 30, só ficou pronto em 1945.